Berikut adalah daftar Sekolah Menengah Pertama (SMP) dan Madrasah Tsanawiyah (MTs) baik Negeri maupun Swasta sekecamatan Kota Waisai Kab. Raja Ampat dengan nama alamat lengkapnya:

Dengan jumlah sekolah NEGERI sebanyak 2 sekolah, dan jumlah sekolah SWASTA sebanyak 3 sekolah yang terdaftar pada sistem Dapodik Kemendikbud.

1. SMP NEGERI 14 RAJA AMPAT

Status: NEGERI
NPSN: 60401868
Alamat: Waisai
Kelurahan: WAISAI
Kecamatan: Kota Waisai, Kab. Raja Ampat

Untuk informasi lebih lanjut silakan buka profil dari sekolah ini disini.

2. SMP NEGERI 21 RAJA AMPAT

Status: NEGERI
NPSN: 60403792
Alamat: JALAN MOKO
Kelurahan: BONKAWIR
Kecamatan: Kota Waisai, Kab. Raja Ampat

Untuk informasi lebih lanjut silakan buka profil dari sekolah ini disini.

3. SMP IT AL IKHLAS

Status: SWASTA
NPSN: 69986923
Alamat: Jalan Basuki Rahmat, Perum 200 Moko
Kelurahan: Bonwakir
Kecamatan: Kota Waisai, Kab. Raja Ampat

Untuk informasi lebih lanjut silakan buka profil dari sekolah ini disini.

4. SMP YPPK SANTA MARIA REGINA

Status: SWASTA
NPSN: 69979064
Alamat: Jl. jend Ahmad yani Perum 100
Kelurahan: Waisai
Kecamatan: Kota Waisai, Kab. Raja Ampat

Untuk informasi lebih lanjut silakan buka profil dari sekolah ini disini.

5. SMPS YPK ALFA OMEGA WAISAI

Status: SWASTA
NPSN: 60404145
Alamat: KAMPUNG WAISAI
Kelurahan: WAISAI KOTA
Kecamatan: Kota Waisai, Kab. Raja Ampat

Untuk informasi lebih lanjut silakan buka profil dari sekolah ini disini.